努尔哈赤指挥八旗骁骑对明军冲锋攻击，数冲不胜。白杆兵虽人数少于八旗，却都殊不畏死，组织严明，使用的又是上带长刃下配有铁环的奇怪兵器，殊异平时明军，使八旗军极不习惯，打头的精锐红巴甲喇军经恶战被击败，当即退却下来，八旗军上下震惊！
骑兵不敌，努尔哈赤急以“后军往助”（《清太祖实录》卷7），川兵也不畏生死寸土不让。据《全边略记》和《山中闻见录》的记载，白杆兵连续击退八旗强劲的步骑猛攻，挟着攻占沈阳之胜利余威的八旗劲旅，竟在四川步兵抗击下“死于枪弩者数千人”，后继骑兵也被打得“纷纷坠马”，后金军参领西佛先、佐领席尔泰、格朗也阵亡了。
努尔哈赤对白杆兵没有办法，冷兵器无法战胜，他便想到了热兵器。由其女婿、投降后金的明将李永芳找到被俘的明军炮手，亲自解开捆绑，人赏千金，调用大炮来攻击川军。白杆兵的长枪阵在大炮面前被撕裂，阵地里血肉横飞，经过激烈交锋，川军全部牺牲。周敦吉、秦邦屏及参将吴文杰、守备雷安民等皆力战而死。周世禄从西北逸出，邓起龙、袁见龙夺桥西奔，带领残军俱走入浙营，继续坚持作战。
浙江来的三千戚家兵布阵于浑河五里之外，列置战车枪炮，掘壕安营，用秫秸为栅，外涂泥巴。后金兵消灭江北川兵，迅速渡河将浙兵包围数匝。努尔哈赤深感川兵之劲厉，再三告诫刚刚惨胜的八旗兵“勿轻敌”，并故意强调“仲癸所将皆川兵”以警醒部下。
明总兵陈策、童仲揆、张明世、戚金等将领沉着应战，积极布阵，誓后金兵决一死战。明军以火器射击，杀伤相枕。火药用尽，两军便开始短兵相接。战斗极为激烈，双方战至夜幕降临，一度胜负未分。但后金增援部队加入，明军浙营溃败，陈策战死。后金兵万矢齐发，童仲揆与戚金、张名世及都司袁见龙、邓起龙等并战死。后金前后损失雅巴海、布哈、孙扎钦、巴彦、雅木布里、席尔泰、郎格、敦布达哈、木布、禄汪格等战将。
后来的清人魏源也感慨其为：“是役，明以万余人当我数万众，虽力屈而覆，为辽左用兵以来第一血战。”
而明朝方面的《明熹宗录》称之为“凛凛有生气”，“时咸壮之”。尤其是秦良玉所派川东土司兵面对数倍强敌的壮烈表现，极其令人敬仰。后来的兵部尚书张鹤鸣曾经评说此战：“浑河血战，首功数千，实石柱、酉阳二土司功。”其他明军也大多都英勇刚烈，为人所不齿的贪生怕死者少之又少。
这场惊天动地之战，也引起当时朝鲜人的极大观注，时任满浦佥使的郑忠信向李朝报告中说：“虏中言守城之善莫如清河，野战之壮莫如黑山（即浑河）。”《李朝实录·光海君日记》也赞道：“虏之死伤亦相当，虏至今胆寒。”
而根据后金自己的史书，八旗所部确实受到极其沉重的打击，伤亡惨重。尤其是红甲喇军、白旗军、连努尔哈赤最精锐的黄旗军都曾在坚强的川军面前败下阵来。八旗军多名将领甚至在激战中被明军活捉。
为了稳定军心士气，祷念在此役众多的阵亡者，努尔哈赤还在十六日专门举行了祭奠亡灵的大会。根据《满文老档》之太祖卷十九里的记录，努尔哈赤对浑河北岸八旗步兵败于川东土司兵之事极为愤恨，进行追查，革去了参将拜音达里、游击伊郎阿之职。主要罪状是与川兵相遇时“不战而败走”，批评雅松“率吾常胜之军，望风而走，以失锐气”（《清太祖武皇帝实录》卷三）
秦良玉之父秦葵乃明朝贡生，她自幼接受良好的儒家教育熏陶，从小便其兄秦邦屏和弟弟秦民屏一起读典籍，学骑射。比起兄弟来，秦良玉秉赋超群，文翰得风流，兵剑谙神韵，其父秦葵怃然叹息道：“可惜孩儿你是女流，否则，日后定能封侯夺冠。”秦良玉慷慨朗言：“倘使女儿得掌兵柄，应不输平阳公主（唐高祖李渊之女）和冼夫人（隋明岭南的少数民族首领）。”
万历二十七年（1599）五月，土司杨应龙在播州发动叛乱，在云贵地区烧杀抢掠，时叛时降，出尔反尔。明朝政府多次对其进行招安无效，于万历二十七年末（1599）任命李化龙为四川巡抚，总督川、贵、湖广军务，对杨应龙进行征讨。
秦良玉的丈夫石柱土司马千乘是汉朝“马革裹尸”的伏波将军马援之后，作为地方土司，马千乘以三千石柱兵从征，跟随李化龙讨伐叛军。秦良玉统精卒五百人，自备军粮马匹，与副将周国柱一起在邓坎（今贵州凤岗）扼守险地，持弓援剑杀贼。李化龙对此大为叹异，命人打造一面银牌赠与时年十六岁的秦姑娘，上镌“女中丈夫”四个大字，以示表彰。
万历四十一年（1613年），秦良玉丈夫马千乘因得罪了万历帝派来的监税太监丘乘云，被逮捕入狱，活活折磨而死。二十八岁的秦良玉一下子变成孤儿寡母，她大义为重，接替了马千乘的石柱土司之职，继续为朝廷效力。
浑河之战后，秦良玉亲率白杆兵3000人驻守山海关，天启帝下诏赏秦良玉二品官服，并封为诰命夫人，授秦良玉之子马祥麟为指挥使。
后永宁土司奢崇明叛乱，秦良玉和其弟秦民屏回乡平叛。天启二年（1622年），奢崇明包围成都，秦良玉奉四川巡抚朱燮元令前去征讨，长驱直入，解了成都之围。奢崇明败走后，秦良玉率领秦民屏攻克二郎关、佛图关，收复重庆。朝廷于是授命秦良玉为都督佥事、总兵官，授马祥麟为宣慰使，秦民屏为副总兵。之后，秦良玉又收复红崖墩、观音寺、青山墩等叛军重要据点，奢崇明兵败自杀。
崇祯七年（1634年），张献忠在四川作乱，攻陷夔州，秦良玉率军赶到，张献忠不战而走。良玉追赶，与马祥麟前后夹击，迫使张献忠退走湖广，而后张献忠受朝廷招安。
崇祯十三年（1640年），张献忠联合罗汝才再度造反，罗汝才率兵攻打夔州，秦良玉的白杆兵夺其帅旗，大败之。
张献忠屠四川，但唯独不敢进犯秦良玉镇守的石柱，而小小的石柱，也因此收留保护了外来避难的十几万难民。
甲申国变后，清军攻占北京，大举南侵。时秦良玉已年六十三岁，她毅然接受隆武政权赐封太子太保、忠贞侯封号以及“太子太保总镇关防”官印，继续高举扶明抗清的旗帜，准备前往福建抗清作战。却因郑芝龙叛变，隆武帝被俘而未能成行。永历二年（1648年），在西南的永历皇帝派人加封秦良玉太子太傅，授“四川招讨使”，时年六十五岁的秦良玉检阅白杆军，准备出征，却在阅兵的马背上因病倒地，不日去世。
在中国几千年的历史上，正史中唯一以女身而列入将相传的，唯有秦良玉一人！